Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính mang mặt nạ tên Hakuoro, người được tìm thấy bởi 2 chị em (Eruru và Aruru) và bà Tusukuru. Anh ta bị thương nặng và rơi vào trạng thái mất trí nhớ. Cho nên bọn họ đem anh về nhà và cố gắng chữa trị. Sau này anh được dân làng chấp nhận cho sống trong làng, nhưng người trong làng thì đang gặp cảnh khốn khổ vì tên bạo chúa tham lam. Sau này, nhờ số phận đưa đẩy anh trở thành người đứng lên lãnh đạo nhân dân chống lại tên bạo chúa và trở thành vua, anh đặt tên cho đất nước của mình là Tusukuru để nhớ ơn đến người mà anh kính trọng nhất.

Sau khi trở thành vua và mọi việc trở nên yên ổn. Anh nhận ra rằng hòa bình là một việc rất khó giữ vững, anh như đứng trong biển lửa khi phải đối mặt với việc bảo vệ những người mà anh quan tâm. Trong công cuộc bảo vệ, anh đã giáp mặt với nhiều chiến binh mạnh từ nhiều vùng đất và bộ lạc khác nhau, sau này những chiến binh đó trở thành những thuộc hạ thân tín nhất của anh. Nhiều lúc đối mặt với những tình huống gần như không thể chiến thắng thì mọi người đều cảm thấy an tâm nhờ vào tài chỉ huy của anh.

Câu chuyện mở đầu mang đậm phong cách huyền ảo của người Ainu, nhưng càng về sau thì câu chuyện càng thiên về tính khoa học viễn tưởng. Nói đúng hơn, câu chuyện mở đầu trong một thế giới huyền ảo, đầy phép thuật và những giống người mới nhưng sau đó vén lên bức màn bí mật về một tương lai sau này của Trái Đất.

Backstory

Trong một buổi nọ, 1 nhà khảo cổ đã phát hiện ra 1 hóa thạch kỳ lạ, 1 hóa thạch của một con quái vật bị biến dạng. Nhà khảo cổ ấy không biết rằng đây chính là hiện thân của 1 vị thần đã bị lãng quên, biết đến với cái tên Witsuarunemitea. Một nhà khoa học giỏi tình cờ nhìn thấy, và sau một vài lần đối chiếu, người lạ mặt kỳ bí này giải thích rằng nhân loại chưa thực sự sẵn sàng cho Missing Link này, một khoảng trống trong sự tiến hóa từ vượn để ra thành người. Để tránh bị lộ anh ta bắn nhà khảo cổ học. Khi mà anh đang chuẩn bị chết thì máu của anh chạm vào tảng hóa thạch và vị thần bị lãng quên cũng bị đánh thức.

Witsuarunemitea cảm nhận được một sự hy vọng trong con người nhà khỏa cổ đang chết dần. Người đã cho anh mạng sống với điều kiện người sẽ trở thành một với anh, nhờ vậy mà Witsuarunemitea có thể cuối cùng tìm được giấc ngủ mà ông ta mong muốn. Thời gian trôi qua, anh bị đóng băng.

Witsuarunemitea dưới lớp vỏ bọc là chiếc mặt nạ mà nhà khảo cổ đeo, chẳng lâu sau anh cũng tỉnh giấc sau nhiều năm. Anh ta nhận ra rằng mình đang ở trong một trung tâm khoa học ở dưới lòng đất, nơi mà anh bị nghiên cứu như là một giống người thời xa xưa. Thông qua các nhà nghiên cứu dưới đây anh mới biết rằng thế giới đã trở thành một vùng đất khô cằn không ai sinh sống. Những người sống sót thì sống trong những căn nhà dưới lòng đất.

Mizushima, 1 nhà nghiên cứu, được bổ nhiệm để chăm sóc và nghiên cứu về nhà khảo cổ, nay được đặt tên là Iceman. Phát hiện ra rằng Iceman có khả năng thở được trong điều kiện không khí bên ngoài, các nhà nghiên cứu mong muốn sử dụng khả năng của anh để tái tạo lại bề mặt Trái Đất. Từ hàng ngàn tạo vật, chỉ có một vài được chọn là có thể sống sót, kể cả vật thí nghiệm số 3510 và 63. Vật thí nghiệm số 3510, một phụ nữ xinh đẹp được đặt cho cái tên Mikoto và vật thí nghiệm số 63, một bé gái, được đặt tên là Mutsumi và được tạo ra nhờ vào ADN của Iceman, thường gọi anh là "cha".

Dự án gặp phải một số vấn đề, mặc dù vậy các nhà nghiên cứu quyết định sẽ lại đóng băng Iceman để tiếp tục nghiên cứu sau này. Mizushima, nhận thức thấy tính cách con người trong Iceman, đã kêu anh chạy trốn, và đưa cho anh ta chìa khóa của trung tâm nghiên cứu.

Iceman trốn thoát khỏi trung tâm mang theo Mikoto người mà anh đã mang lòng yêu thương. Sau một vài năm, Mikoto sinh ra 1 đứa bé gái. Tuy nhiên các nhà nghiên cứu đã tìm ra họ và bọn họ lại bị bắt trở về trung tâm nghiên cứu. Mikoto bị giải phẫu để nghiên cứu thêm, Iceman thì đang chuẩn bị đem đi đóng băng, chính cơn giận dữ của anh đã đánh thức Witsuarunemitea.

Bị tổn thương trước cái chết của Mikoto, một tính cách khác của anh dần được tạo nên, một tính cách mang đầy thù hận. Witsuarunemitea hủy diệt hầu hết trung tâm, trước mong ước của con người về sự bất tử. Witsuarunemitea ban cho lời thỉnh cầu của họ thành sự thật, biến bọn họ thành những chất lỏng không hình dạng. Cuối cùng, vị thần tích lũy quá nhiều thù hận cho nên đã biến Iceman ra thành hai nửa cơ thể: một nửa tìm kiếm sự hủy diệt, một nửa kia tìm kiếm chỉ để bị hủy diệt.

Bất ngờ, Mutsumi xuất hiện và mang trong mình dòng máu thần thánh của Witsuarunemitea, làm cho hai cơ thể của Witsuarunemitea này chìm vào giấc ngủ. Trong lúc này, những tạo vật trong trung tâm cũng bắt đầu xây dựng lại Trái Đất. Con người chính gốc thì ngày càng chết dần chết mòn và rơi vào quên lãng. Trung tâm nghiên cứu thì bị đóng vĩnh viễn, sau này người ta truyền tai nhau nơi đây là vùng đất thánh của Witsuarunemitea.

Vài năm sau đó, một sự thay đổi trên thế giới đã làm thức tỉnh cà hai cơ thể của Witsuarunemitea, cả hai lại tiếp tục đấu với nhau. Một bên thì muốn con người trên thế gian này đạt tới đỉnh cao nhờ vào chiến tranh, bên kia thì muốn nhờ vào hợp tác ôn hòa. Vị vua của Kunnekamun tìm kiếm phần cơ thể của sự hủy diệt, người đã ban cho ông sức mạnh tên là Avu-Kamuu.

Cuối cùng, trận đánh của cả hai đã gây nên một trận động đất. Aruru, một cô bé của làng Kenashikourupe đang leo lên cây để lấy cái tổ ong thì bị té vì cơn động đất, cô bị thương nặng. Eruru chị gái của Aruru cầu xin Witsuarunemitea hãy cứu sống Aruru đổi lại là linh hồn và thể xác của chính cô sẽ là của Witsuarunemitea. Witsuarunemitea đồng ý.

Cả hai vị thần đều mệt mỏi sau trân chiến và cả hai đều rơi vào hôn mê. Phần cơ thể muốn hủy diệt thì được tìm thấy bởi Dii, một học giả của xứ Onkamiyamukai, sau này hòa làm một với nhau. Phần cơ thể muốn bị hủy diệt thì giữ lại cơ thể của mình và được tìm thấy trong rừng nhờ Eruru.

Từ đây cốt truyện của Utawarerumono bắt đầu.